Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Polish Lowland Sheepdog

Updated Dec 22, 2024

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA1 #	STR types	Polish Lowland Sheepdog (n=120)	Polski Owczarek Nizinny (n=1)
1016	382 371 277 178	0.021	--
1040	380 371 277 186	0.663	0.5
1067	376 373 277 178	0.308	0.5
1068	380 373 287 181	0.004	--
1156	380 373 291 178	0.004	--

DLA Class II Haplotype Frequencies

DLA2 #	STR types	Polish Lowland Sheepdog (n=120)	Polski Owczarek Nizinny (n=1)
2014	339 322 284	0.683	0.5
2017	343 322 280	0.292	0.5
2053	343 324 280	0.004	--
2067	343 322 284	0.017	--
2098	343 323 282	0.004	--

Allele Frequencies

#	Locus Name	Allele	Polish Lowland Sheepdog (n=120)	Polski Owczarek Nizinny (n=1)
1	AHT121	100	0.483	0.5
		102	0.429	--
		104	0.017	--
		106	0.071	0.5
2	AHT137	131	0.283	0.5
		135	0.004	--
		145	0.708	0.5
		149	0.004	--
3	AHTH130	121	0.050	--
		123	0.029	--
		127	0.442	0.5
		131	0.467	0.5
		133	0.013	--
4	AHTh171-A	219	0.104	--
		225	0.008	--
		233	0.058	--
		237	0.808	1.0
		239	0.008	--
		243	0.013	--
5	AHTh260	240	0.133	--
		244	0.029	--
		246	0.700	1.0
		250	0.138	--
6	AHTk211	87	0.250	--
		91	0.700	1.0
		95	0.050	--
7	AHTk253	284	0.096	--
		288	0.004	--
		290	0.504	1.0
		292	0.396	--
8	C22.279	116	0.217	--
		118	0.254	--
		124	0.529	1.0
9	FH2001	132	0.975	0.5
9	FH2001	144	0.025	0.5
10	FH2054	152	0.017	0.5
		156	0.192	--
		160	0.054	--
		164	0.017	--
		168	0.679	0.5
		172	0.033	--
		176	0.008	--
11	FH2848	232	0.304	0.5
		234	0.004	--
		236	0.479	--
		240	0.033	--
		242	0.179	0.5
12	INRA21	95	0.079	--
12	INRA21	101	0.921	1.0
13	INU005	124	0.671	0.5
		126	0.008	--
		128	0.300	0.5
		132	0.021	--
14	INU030	144	0.588	--
		150	0.254	1.0
		152	0.158	--
15	INU055	204	0.275	--
		210	0.463	0.5
		218	0.263	0.5
16	LEI004	95	0.875	1.0
16	LEI004	97	0.125	--
17	REN105L03	227	0.046	--
		231	0.508	0.5
		233	0.442	0.5
		241	0.004	--
18	REN162C04	204	0.188	--
		206	0.708	1.0
		210	0.104	--
19	REN169D01	210	0.046	--
		212	0.217	--
		216	0.671	--
		220	0.067	1.0
20	REN169O18	164	0.408	0.5
		166	0.008	--
		168	0.004	--
		170	0.579	0.5
21	REN247M23	264	0.004	--
		266	0.050	1.0
		268	0.858	--
		272	0.088	--
22	REN54P11	228	0.333	1.0
		232	0.254	--
		236	0.192	--
		238	0.213	--
		240	0.008	--
23	REN64E19	147	0.183	--
		149	0.121	--
		153	0.696	1.0
24	VGL0760	14	0.038	--
		15	0.617	--
		16	0.008	--
		20.2	0.204	--
		21.2	0.133	1.0
25	VGL0910	13	0.046	--
		14	0.300	0.5
		15	0.083	--
		16	0.138	0.5
		19.1	0.092	--
		20.1	0.175	--
		21.1	0.158	--
		22.1	0.008	--
26	VGL1063	14	0.079	0.5
		15	0.204	--
		16	0.371	--
		17	0.117	--
		18	0.208	--
		19	0.021	0.5
27	VGL1165	16	0.004	--
		17	0.279	0.5
		18	0.004	--
		25	0.004	--
		26	0.417	--
		27	0.038	--
		28	0.046	--
		29	0.004	--
		30	0.188	0.5
		31	0.017	--
28	VGL1828	19	0.238	0.5
		20	0.304	--
		21	0.179	--
		22	0.054	--
		23	0.217	0.5
		24	0.008	--
29	VGL2009	10	0.179	--
		11	0.167	0.5
		13	0.008	--
		14	0.529	0.5
		15	0.092	--
		16	0.025	--
30	VGL2409	15	0.046	--
		16	0.013	--
		17	0.625	1.0
		18	0.142	--
		19	0.175	--
31	VGL2918	12	0.738	1.0
		13	0.008	--
		15	0.025	--
		17.3	0.229	--
32	VGL3008	15	0.371	0.5
		16	0.058	--
		17	0.242	--
		18	0.150	0.5
		19	0.179	--
33	VGL3235	13	0.088	--
		14	0.642	1.0
		16	0.271	--

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Polish Lowland Sheepdog

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	121	4.424	2.407	0.526	0.521	-0.008
	SE		0.297	0.172	0.032	0.030	0.012

Polski Owczarek Nizinny

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1	1.485	1.485	0.485	0.242	-0.485
	SE		0.087	0.087	0.087	0.043	0.087

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Polish Lowland Sheepdog

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	121	2.714	1.566	0.300	0.319	0.041
	SE		0.171	0.132	0.068	0.072	0.012

Polski Owczarek Nizinny

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1	1.714	1.714	0.714	0.357	-0.714
	SE		0.171	0.171	0.171	0.085	0.171

Standard genetic assessment for individual STR loci

Polish Lowland Sheepdog

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	121	4	2.377	0.595	0.579	-0.027
2	AHT137	121	4	1.722	0.331	0.419	0.212
3	AHTH130	121	5	2.398	0.620	0.583	-0.063
4	AHTh171-A	121	6	1.492	0.273	0.330	0.173
5	AHTh260	121	4	1.885	0.455	0.470	0.032
6	AHTk211	121	3	1.794	0.479	0.443	-0.083
7	AHTk253	121	4	2.373	0.562	0.579	0.029
8	C22.279	121	3	2.539	0.620	0.606	-0.023
9	FH2001	121	2	1.060	0.058	0.056	-0.030
10	FH2054	121	7	1.999	0.504	0.500	-0.009
11	FH2848	121	5	2.829	0.620	0.647	0.041
12	INRA21	121	2	1.169	0.157	0.145	-0.085
13	INU005	121	4	1.853	0.446	0.460	0.031
14	INU030	121	3	2.315	0.562	0.568	0.011
15	INU055	121	3	2.789	0.736	0.641	-0.147
16	LEI004	121	2	1.277	0.215	0.217	0.011
17	REN105L03	121	4	2.193	0.545	0.544	-0.003
18	REN162C04	121	3	1.817	0.488	0.450	-0.085
19	REN169D01	121	4	2.015	0.512	0.504	-0.017
20	REN169O18	121	4	1.992	0.471	0.498	0.054
21	REN247M23	121	4	1.360	0.256	0.264	0.031
22	REN54P11	121	5	3.862	0.777	0.741	-0.048
23	REN64E19	121	3	1.869	0.504	0.465	-0.084
24	VGL0760	121	5	2.292	0.579	0.564	-0.026
25	VGL0910	121	8	5.472	0.835	0.817	-0.021
26	VGL1063	121	6	4.171	0.744	0.760	0.022
27	VGL1165	121	10	3.453	0.719	0.710	-0.012
28	VGL1828	121	6	4.330	0.793	0.769	-0.032
29	VGL2009	121	6	2.865	0.653	0.651	-0.003
30	VGL2409	121	5	2.239	0.612	0.553	-0.105
31	VGL2918	121	4	1.668	0.372	0.401	0.072
32	VGL3008	121	5	3.936	0.736	0.746	0.014
33	VGL3235	121	3	2.019	0.545	0.505	-0.081

Polski Owczarek Nizinny

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
2	AHT137	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
3	AHTH130	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
4	AHTh171-A	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
5	AHTh260	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
6	AHTk211	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
7	AHTk253	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
8	C22.279	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
9	FH2001	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
10	FH2054	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
11	FH2848	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
12	INRA21	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
13	INU005	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
14	INU030	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
15	INU055	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
16	LEI004	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
17	REN105L03	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
18	REN162C04	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
19	REN169D01	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
20	REN169O18	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
21	REN247M23	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
22	REN54P11	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
23	REN64E19	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
24	VGL0760	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
25	VGL0910	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
26	VGL1063	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
27	VGL1165	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
28	VGL1828	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
29	VGL2009	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
30	VGL2409	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
31	VGL2918	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
32	VGL3008	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
33	VGL3235	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Polish Lowland Sheepdog

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	121	3	1.836	0.421	0.455	0.074
2	DLA I-4ACA	121	2	1.766	0.405	0.434	0.067
3	DLA I-4BCT	121	3	1.017	0.017	0.016	-0.006
4	DLA1131	121	3	1.821	0.430	0.451	0.047
5	5ACA	121	2	1.766	0.405	0.434	0.067
6	5ACT	121	3	1.017	0.017	0.016	-0.006
7	5BCA	121	3	1.735	0.405	0.424	0.044

Polski Owczarek Nizinny

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
2	DLA I-4ACA	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
3	DLA I-4BCT	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
4	DLA1131	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
5	5ACA	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
6	5ACT	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
7	5BCA	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000

Veterinary Genetics Laboratory

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Polish Lowland Sheepdog

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Polish Lowland Sheepdog

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Connect with us on social media