Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

Updated Dec 22, 2024

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA1 #	STR types	Havanese (n=1078)
1003	387 375 277 186	0.0441
1006	387 375 293 180	0.0501
1009	382 377 277 184	0.0005
1011	376 365 281 180	0.0009
1012	388 369 289 188	0.0111
1014	375 373 287 178	0.0195
1016	382 371 277 178	0.1920
1017	386 373 289 178	0.0005
1018	375 373 287 186	0.0070
1019	380 373 287 185	0.0009
1029	380 365 281 182	0.0357
1030	380 373 293 178	0.0028
1033	382 379 277 181	0.0014
1035	386 373 277 184	0.0042
1040	380 371 277 186	0.0153
1052	380 372 289 184	0.0097
1054	382 379 277 184	0.1248
1062	382 371 277 183	0.0005
1068	380 373 287 181	0.0130
1071	380 373 277 178	0.0005
1084	376 373 277 184	0.0014
1087	380 371 277 178	0.0032
1092	376 379 277 181	0.0969
1093	386 379 277 180	0.0144
1105	382 379 277 178	0.0009
1111	387 378 287 182	0.0032
1114	380 373 287 183	0.0172
1115	386 371 277 182	0.0928
1116	380 365 289 186	0.1048
1117	376 373 277 180	0.0492
1118	376 377 277 180	0.0009
1120	376 386 289 176	0.0009
1121	380 371 277 183	0.0051
1123	386 379 277 184	0.0014
1124	388 373 289 178	0.0060
1125	393 383 277 185	0.0195
1128	384 376 287 182	0.0009
1129	382 371 277 181	0.0009
1132	376 379 277 184	0.0009
1133	378 365 287 172	0.0181
1134	384 365 291 178	0.0009
1136	382 371 277 182	0.0005
1140	376 379 301 180	0.0037
1142	376 379 277 180	0.0042
1147	391 375 293 180	0.0014
1148	376 375 277 180	0.0023
1154	376 365 281 183	0.0074
1155	388 369 287 184	0.0005
1173	392 371 277 186	0.0028
1180	386 371 277 181	0.0005
1260	387 379 277 184	0.0005
1262	382 377 289 180	0.0009
1266	378 365 287 181	0.0009
1290	380 369 277 181	0.0005

DLA Class II Haplotype Frequencies

DLA2 #	STR types	Havanese (n=1078)
2001	343 324 284	0.0487
2003	343 324 282	0.2129
2005	339 322 280	0.0023
2006	339 325 280	0.0014
2007	351 327 280	0.0515
2008	339 327 276	0.0005
2011	345 322 284	0.0005
2012	345 322 280	0.0028
2014	339 322 284	0.0037
2016	339 323 284	0.0241
2017	343 322 280	0.0102
2018	339 324 284	0.0255
2021	339 324 268	0.0046
2022	339 327 282	0.1192
2023	341 323 282	0.0028
2024	343 323 280	0.0042
2028	345 327 288	0.0009
2032	339 323 280	0.0186
2033	339 323 282	0.0009
2035	341 323 280	0.0023
2037	341 327 280	0.0195
2040	345 327 280	0.0028
2053	343 324 280	0.0278
2066	339 324 280	0.1628
2068	339 327 284	0.0005
2070	347 324 282	0.1044
2071	339 322 286	0.0051
2072	339 325 282	0.0172
2073	339 327 286	0.0070
2074	341 324 284	0.0496
2075	341 327 282	0.0362
2076	345 322 282	0.0060
2077	347 325 286	0.0181
2079	343 323 278	0.0009
2082	339 325 268	0.0042
2087	347 324 280	0.0005

Allele Frequencies

#	Locus Name	Allele	Havanese (n=1078)
1	AHT121	92	0.1048
		94	0.0737
		96	0.0019
		98	0.0102
		100	0.0468
		102	0.1039
		104	0.5399
		106	0.0357
		108	0.0788
		110	0.0014
		112	0.0028
2	AHT137	131	0.2338
		133	0.0645
		137	0.0793
		139	0.0385
		141	0.1753
		143	0.1132
		145	0.0079
		147	0.1990
		149	0.0673
		151	0.0204
		155	0.0009
3	AHTH130	117	0.0376
		119	0.2579
		121	0.0515
		123	0.0315
		125	0.3669
		127	0.1892
		129	0.0427
		131	0.0199
		133	0.0028
4	AHTh171-A	217	0.0009
		219	0.1596
		221	0.0014
		225	0.2556
		227	0.0301
		229	0.1865
		231	0.2806
		233	0.0195
		235	0.0380
		237	0.0278
5	AHTh260	238	0.1211
		242	0.0139
		244	0.2287
		246	0.2890
		248	0.2069
		250	0.1071
		252	0.0028
		254	0.0288
		258	0.0019
6	AHTk211	87	0.4712
		89	0.2291
		91	0.1484
		95	0.1391
		97	0.0121
7	AHTk253	284	0.0130
		286	0.0700
		288	0.6331
		290	0.0487
		292	0.2352
8	C22.279	116	0.1044
		118	0.2152
		120	0.0056
		122	0.0167
		124	0.2208
		126	0.1336
		128	0.0009
		130	0.3029
9	FH2001	124	0.0371
		128	0.0093
		132	0.4188
		136	0.0088
		140	0.0107
		144	0.4522
		148	0.0510
		152	0.0102
		158	0.0019
10	FH2054	148	0.0158
		152	0.0826
		156	0.2472
		160	0.1967
		164	0.0932
		168	0.1466
		172	0.1109
		176	0.1039
		180	0.0028
		184	0.0005
11	FH2848	230	0.0148
		232	0.3015
		234	0.0510
		236	0.0816
		238	0.0473
		240	0.2319
		242	0.2621
		244	0.0056
		246	0.0042
12	INRA21	91	0.1345
		95	0.1020
		97	0.3748
		99	0.0487
		101	0.1786
		103	0.1503
		105	0.0111
13	INU005	106	0.0009
		110	0.0325
		122	0.0144
		124	0.5840
		126	0.2180
		128	0.0088
		132	0.0283
		134	0.0037
		138	0.1095
14	INU030	144	0.6317
		146	0.0380
		148	0.0246
		150	0.1276
		152	0.1619
		154	0.0148
		156	0.0014
15	INU055	210	0.3799
		212	0.2096
		214	0.1016
		216	0.1252
		218	0.1790
		222	0.0046
16	LEI004	83	0.0005
		85	0.6382
		93	0.0005
		95	0.2259
		97	0.0130
		101	0.0019
		105	0.0005
		107	0.1122
		109	0.0074
17	REN105L03	227	0.0232
		229	0.0167
		231	0.2101
		233	0.0932
		235	0.0032
		237	0.1934
		239	0.0116
		241	0.4425
		245	0.0060
18	REN162C04	200	0.0366
		202	0.2217
		204	0.0487
		206	0.3910
		208	0.1313
		210	0.1707
19	REN169D01	202	0.0659
		204	0.0009
		210	0.1707
		212	0.0538
		214	0.0278
		216	0.4216
		218	0.0673
		220	0.1920
20	REN169O18	160	0.0719
		162	0.2106
		164	0.0422
		166	0.2314
		168	0.1846
		170	0.2268
		172	0.0325
21	REN247M23	266	0.0005
		268	0.4072
		270	0.1062
		272	0.1637
		274	0.0172
		276	0.2750
		278	0.0301
22	REN54P11	222	0.1725
		226	0.2672
		228	0.1076
		232	0.0918
		234	0.0594
		236	0.0422
		238	0.2593
23	REN64E19	139	0.1438
		143	0.0139
		145	0.0960
		147	0.3061
		149	0.0139
		151	0.0042
		153	0.4040
		155	0.0176
		157	0.0005
24	VGL0760	12	0.0343
		13	0.0617
		14	0.1030
		15	0.0097
		18.2	0.0983
		19.2	0.0028
		20.2	0.0172
		21.2	0.2319
		22.2	0.1725
		23.2	0.1572
		24.2	0.0515
		25.2	0.0288
		26.2	0.0306
		27.2	0.0005
25	VGL0910	13	0.0042
		14	0.0102
		16.1	0.0946
		17	0.0065
		17.1	0.1020
		18	0.0246
		18.1	0.0622
		19.1	0.1660
		20.1	0.0394
		20.3	0.0051
		21.1	0.3122
		22	0.0320
		22.1	0.1085
		23	0.0158
		23.1	0.0167
26	VGL1063	8	0.0255
		12	0.0849
		13	0.0385
		14	0.1967
		15	0.1025
		16	0.0074
		17	0.0853
		18	0.0710
		19	0.0455
		20	0.0844
		21	0.0886
		22	0.1577
		23	0.0121
27	VGL1165	14	0.0009
		15	0.0005
		16	0.0051
		17	0.0292
		18	0.1081
		19	0.0158
		20	0.0283
		21	0.1155
		22	0.0005
		23	0.0264
		25	0.0028
		26	0.3544
		27	0.0714
		28	0.1749
		29	0.0079
		30	0.0111
		31	0.0232
		32	0.0102
		33	0.0135
		34	0.0005
28	VGL1828	15	0.0153
		16	0.3080
		17	0.0051
		18	0.0227
		19	0.0320
		19.3	0.0028
		20	0.1104
		20.3	0.0005
		21	0.3595
		22	0.0626
		23	0.0802
		24	0.0009
29	VGL2009	9	0.0023
		10	0.0019
		11	0.1461
		12	0.0264
		13	0.2208
		14	0.2301
		15	0.2853
		16	0.0858
		17	0.0014
30	VGL2409	14	0.0121
		15	0.0710
		16	0.3265
		17	0.3214
		18	0.2161
		19	0.0028
		20	0.0404
		21	0.0097
31	VGL2918	12	0.0468
		13	0.2853
		14	0.1466
		15	0.0691
		16	0.0102
		16.3	0.0042
		17.3	0.0116
		18.3	0.0686
		19.3	0.0413
		20.3	0.0278
		21.3	0.0686
		22.3	0.2115
		23.3	0.0083
32	VGL3008	10	0.0005
		13	0.1248
		14	0.0088
		15	0.0714
		16	0.0260
		17	0.1039
		18	0.1549
		19	0.1818
		20	0.2036
		21	0.1053
		22	0.0111
		23	0.0079
33	VGL3235	11	0.0111
		12	0.0186
		13	0.1248
		14	0.2723
		15	0.3479
		16	0.0301
		17	0.0417
		18	0.0654
		19	0.0835
		20	0.0046

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Havanese

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1078	9.485	4.488	0.731	0.748	0.023
	SE		0.532	0.269	0.016	0.016	0.004

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Havanese

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1078	8.714	3.818	0.664	0.689	0.037
	SE		1.024	0.594	0.046	0.047	0.003

Standard genetic assessment for individual STR loci

Havanese

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	1078	11	3.044	0.661	0.671	0.015
2	AHT137	1078	11	6.463	0.832	0.845	0.016
3	AHTH130	1078	9	4.095	0.722	0.756	0.045
4	AHTh171-A	1078	10	4.812	0.789	0.792	0.004
5	AHTh260	1078	9	4.860	0.772	0.794	0.028
6	AHTk211	1078	5	3.163	0.659	0.684	0.037
7	AHTk253	1078	5	2.157	0.494	0.536	0.080
8	C22.279	1078	8	4.633	0.758	0.784	0.034
9	FH2001	1078	9	2.602	0.622	0.616	-0.009
10	FH2054	1078	10	6.245	0.832	0.840	0.009
11	FH2848	1078	9	4.442	0.758	0.775	0.022
12	INRA21	1078	7	4.426	0.740	0.774	0.044
13	INU005	1078	9	2.483	0.593	0.597	0.008
14	INU030	1078	7	2.253	0.546	0.556	0.018
15	INU055	1078	6	4.060	0.725	0.754	0.037
16	LEI004	1078	9	2.122	0.532	0.529	-0.007
17	REN105L03	1078	9	3.484	0.686	0.713	0.038
18	REN162C04	1078	6	3.966	0.738	0.748	0.013
19	REN169D01	1078	8	3.902	0.737	0.744	0.008
20	REN169O18	1078	7	5.224	0.794	0.809	0.018
21	REN247M23	1078	7	3.561	0.702	0.719	0.024
22	REN54P11	1078	7	5.163	0.773	0.806	0.042
23	REN64E19	1078	9	3.478	0.710	0.712	0.004
24	VGL0760	1078	14	7.228	0.849	0.862	0.015
25	VGL0910	1078	15	6.101	0.816	0.836	0.024
26	VGL1063	1078	13	8.854	0.877	0.887	0.012
27	VGL1165	1078	20	5.266	0.754	0.810	0.069
28	VGL1828	1078	12	4.025	0.771	0.752	-0.026
29	VGL2009	1078	9	4.707	0.754	0.788	0.042
30	VGL2409	1078	8	3.794	0.714	0.736	0.030
31	VGL2918	1078	13	5.996	0.822	0.833	0.014
32	VGL3008	1078	12	7.042	0.852	0.858	0.007
33	VGL3235	1078	10	4.443	0.735	0.775	0.052

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Havanese

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	1078	12	4.994	0.774	0.800	0.033
2	DLA I-4ACA	1078	12	4.674	0.753	0.786	0.042
3	DLA I-4BCT	1078	7	2.023	0.490	0.506	0.031
4	DLA1131	1078	11	6.620	0.827	0.849	0.026
5	5ACA	1078	6	3.559	0.692	0.719	0.038
6	5ACT	1078	5	2.138	0.506	0.532	0.050
7	5BCA	1078	8	2.719	0.609	0.632	0.036

Veterinary Genetics Laboratory

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Connect with us on social media